Selv om over to tredjedeler av Argentinas 41 millioner innbyggere definerer seg selv som katolikker, går kun rundt ti prosent av dem jevnlig i kirken.
Mange er fortsatt svært skuffet over rollen kirken spilte under militærdiktaturet etter kuppet i 1976 - noe som er kjent som Argentinas «skitne krig».
Kirken har innrømmet at de ikke åpent konfronterte regimet som drepte og kidnappet tusenvis av mennesker i landet.
BAKGRUNN:Argentinske Jorge Mario Bergoglio ny pave
Deltok ikke i høringer
Under Bergoglios lederskap utstedte argentinske biskoper en felles unnskyldning i oktober i fjor for kirkens manglende evne til å beskytte folk under militærjuntaens ledelse.
- Bergoglio har vært veldig kritisk til menneskerettighetsbruddene under diktaturet, men han har alltid også kritisert venstresidens gerilja, han glemmer ikke den siden, sier forfatteren av hans autoriserte biografi Sergio Rubin til AP.
Beklagelsen kom imidlertid sent for mange som mente Bergoglio var mer opptatt av å beskytte kirkens image enn å hjelpe etterforskningen av menneskerettighetsbrudd gjennom juntaledelsens maktperiode.
I rettshøringer om det som skjedde under diktaturet har den nyvalgte paven to ganger brukt sin mulighet i argentinsk lov om ikke å delta, selv om han var stevnet.
Dødsskvadron-anklage
Da han i 2010 møtte i en høring var svarene hans avvikende, ifølge menneskerettighetsadvokat Myriam Bregman.
Minst to konkrete saker involverte Bergoglio direkte. På denne tiden ledet han Argentinas jesuittorden.
Den ene saken handlet om to jesuittprester som ble torturert etter å ha blitt kidnappet fra slummen, hvor de arbeidet, i 1976.
Den ene av prestene, Orlando Yorio, anklaget Bergoglio for å overlate dem til dødsskvadronen fordi han unnlot å fortelle regimet at han hadde godkjent deres arbeid.
Reddet trolig prestenes liv
Begge mennene ble imidlertid frigitt nettopp fordi Bergoglio, i det skjulte, gjorde en ekstraordinær innsats for å komme i direkte kontakt med diktator Jorge Videla, hvor hans bønn om nåde førte til løslatelse, noe som trolig reddet prestenes liv.
I biografien forteller Bergoglio at han jevnlig gjemte mennesker i kirkens eiendommer for at de skulle unnslippe juntaen. I et tilfelle ga han sine egne identitetspapirer til en mann som lignet, slik at han skulle klare å komme seg ut av landet.
Men alt dette ble gjort i hemmelighet. For kirkens ledere støttet åpent juntaen og ba katolikkene gjenoppta sin «kjærlighet til landet», til tross for terroren i gatene.
Anklaget for å snu ryggen til familie
Menneskerettighetsadvokat Bregman mener Bergoglios egne uttalelser viser at kirken visste at juntaen drepte og torturerte, men likevel støttet militærlederne.
Bergoglio er også anklaget for å snu ryggen til en familie som mistet fem slektninger i statsterroren, inkludert en ung kvinne som var gravid i femte måned da hun ble kidnappet og drept i 1977.
Lederen for jesuittordenen i Roma ba Bergoglio om å hjelpe familien. Han skal ha satt en monsignore på saken, som etter noen måneder skal ha kommet tilbake med en lapp fra militærledelsen som sa at kvinnen hadde født i fangenskap og at barnet var gitt bort til en familie som var «for viktig» til at adopsjonen kunne reverseres.
I 2010 vitnet imidlertid Bergoglio om at han ikke visste noe om stjålne barn før lenge etter at diktaturet var over.
- Bryr ham ikke
- Bergoglio viser en svært feig holdning når det kommer til noe så forferdelig som tyveri av spedbarn. Han innser ikke denne realiteten og det bryr ham ikke. Spørsmålet er hvordan han skal redde sitt navn, redde seg selv. Men han kan ikke hindre at disse påstandene når offentligheten. Folk vet hvordan han er, sier tanten til spedbarnet som ble «adoptert» fra den kidnappede kvinnen, Estela de la Cuadra ifølge AP. Hennes mor dannet i 1977 en organisasjon som ville prøve å identifisere disse barna.
Pave Frans I blir sett på som en svært stillfaren mann. Forfatteren av hans autoriserte biografi sier at han ikke en gang svarer sine kritikere.
Det blir spekulert i om denne holdningen er årsaken til at han knapt har nektet for en av de alvorligste beskyldningene mot ham.
Nemlig at han var blant kirkelederne som aktivt støttet Argentinas morderiske diktatur.
- Endte opp med å bli medskyldige
Det er utvilsomt at Jose Mario Bergoglio ikke åpent konfronterte militærjuntaen, som styrte fra 1976 til 1983.
Men de færreste i Argentina gikk åpent ut mot diktaturet. Biografiforfatter Rubin mener derfor at det er urettferdig å kritisere Bergoglio for dette. Han mener det var et generelt svik fra den romersk-katolske kirken.
- På en måte endte mange av oss argentinere opp med å bli medskyldige, sier Rubin og forklarer at alle som snakket kritisk om regimet kunne bli et mål for regimet.
- Det var de som risikerte alt for åpent å utfordre juntaen, og noen av dem endte opp døde.
Opprydding pågår fortsatt
Selv om dette er over 30 år siden pågår opprydningen etter hva som skjedde for fullt.
- Det er alle slags rettssaker nå og Bergoglio avslår systematisk å støtte dem, sier Cuadra.
PS: Dagens regjering i Argentina har imidlertid Bergoglio ikke hatt noe godt forhold til. De har blant annet vært svært uenige om homofilt ekteskap og adopsjon. Forholdet ble så anstrengt at presidenten ikke deltok på et årlig «temøte», hvor det er en tradisjon for at kirkelederne forteller de politiske lederne hva som er galt med samfunnet.