Alberto Nisman, som i mange år har etterforsket et dødelig bombeangrep på Argentinas jødiske senter, ble tidligere denne måneden funnet død i sin leilighet.
Dagen etter skulle han i en høring i kongressen legge fram anklager om at presidenten hadde hindret granskingen og forsøkte å beskytte flere iranere som var mistenkt for å stå bak attentatet.
Fernández har avvist anklagene og sier at Nismans død, som først ble sagt å være selvmord, var ledd i et komplott drevet av etterretningsagenter som opererte på egen hånd, for å diskreditere henne.
Fernández hadde allerede i desember avsatt ledelsen i etterretningstjenesten. Hun sier hun nå vil opprette en ny føderal etterretningstjeneste med en direktør som presidenten utnevner, men som må ha kongressens godkjenning.
Flere tusen mennesker deltok i demonstrasjoner i forrige uke mot regjeringens håndtering av Nismans død og granskingen av bombeangrepet.
85 mennesker ble drept og flere hundre såret da bygget til det jødiske senteret i sentrum av Buenos Aires ble rasert i et bombeangrep i 1994. Angrepet er aldri blitt oppklart, men mistanken har rettet seg mot Iran og flere iranere er etterlyst.
Tidligere mandag sa en av Fernández' medarbeidere at journalister kan være trygge på at de nyter full sikkerhet i Argentina. Dagen før rømte journalisten som avslørte Nismans død til Israel, angivelig fordi han følte seg forfulgt.
- I Argentina er det full sikkerhet for journalister. Det er ingen hindringer i veien for at alle journalister kan uttrykke det de mener, sa kabinettsjef Jorge Capitanich.