En skade holder nemlig Lionel Messi ute. I superstjernens fravær vartet Agüero opp med begge målene på Busch baseballstadion i St Louis.
Agüero kunne scoret tre mål, men skjøt svakt over et kvarter før slutt da han fikk sjansen på en retur fra Bosnias keeper Asmir Begovic.
Argentina spilte 0-0 mot Ecuador i New Jersey fredag, men avsluttet USA-turneen med seier.
Bosnia, som er klar for sitt første VM-sluttspill, skapte farligheter tidlig i kampen, men verken Vedad Ibisevic eller Edin Dzeko lyktes.
- Det var viktig å avslutte året med stil, sa Agüero. (©NTB)